吉林大學第二醫(yī)院眼科中心始創(chuàng)于1936年，其淵源可追溯至偽滿新京特別市立醫(yī)院眼科，后隨學校幾易其名，歷經中國人民解放軍第一軍醫(yī)大學附屬二院眼科、吉林醫(yī)科大學附屬二院眼科、白求恩醫(yī)科大學第二臨床學院眼科等發(fā)展階段，經過張文山、董世范、朱文榮、黃秀貞、張美玉、劉克非、王維興、張曉光、吳雅臻等幾代人的奮斗，為科室的發(fā)展壯大奠定了堅實的基礎，也樹立了良好的學術氛圍。2004年11月在原有眼科基礎上成立了眼科醫(yī)院，現已成為集醫(yī)療、教學、科研、預防及保健為一體的區(qū)域領先、國內先進的現代化大型眼科中心。1998年成為吉林省首個眼科學博士學位授權點，目前是吉林省重點學科、吉林省臨床重點?？?、吉林大學重點學科，為吉林省眼科繼續(xù)醫(yī)學教育基地、吉林省眼科重點實驗室、吉林省眼科質量控制中心、吉林省眼病防治中心、吉林大學眼科中心所在地。
全院現有各類專業(yè)人員180余人，其中教授（主任醫(yī)師）14人，副教授（副主任醫(yī)師）19人，博士生導師4人、碩士生導師24人。醫(yī)療系列66人中有46人獲得博士學位，8人在讀博士，共占82%;副高職以上人員均先后在北京、上海、廣州等國內知名眼科中心進行技術交流或研修，并經常派出參加國際學術會議，中青年骨干多數具有美國、英國、日本、德國、瑞典、瑞士、新加坡、香港等國家和地區(qū)留學和交流經歷，這其中不乏哈佛大學、牛津大學、東京大學、京都大學、秋田大學、卡羅林斯卡醫(yī)學院等國際名校，多人在國外獲博士學位后回國工作，為眼科臨床和科研工作不斷注入新鮮血液，優(yōu)秀的學術梯隊已經成為學科持續(xù)發(fā)展和進步的源泉。
眼科中心成立以來，獲國家自然科學基金資助12項，參與國家“211”工程建設項目子課題1項，取得數十項省部級科研基金資助并獲得獎勵，共發(fā)表核心期刊論文400余篇，其中40余篇被SCI檢索收錄，3篇論文摘要被美國眼科與視覺科學年會（ARVO）和國際眼科研究大會（ISER）收錄。同時積極開展了與英國牛津大學、德國明斯特大學、瑞士巴塞爾大學、俄羅斯莫斯科大學、加拿大曼尼托巴大學等國際知名院校的合作研究，在國內外提升了科研團隊的知名度。出色地完成了吉林大學臨床醫(yī)學七年制、五年制眼科學及留學生全英教學任務；2006年以來，共培養(yǎng)博士后2人、博士研究生55人、碩士研究生140人、各類進修生和繼續(xù)教育學員1600余人次。1995年至今，已連續(xù)舉辦了16屆新技術新療法學術研討會，曾邀請全國知名專家黎曉新、趙堪興、葛堅、姚克、王寧利、楊培增、范先群、劉祖國、王文吉、崔浩、馬志中、吳德正、孫旭光、肖利華、王光璐、文峰等來院講學，或進行手術表演，對于新技術、新療法的開展和在省內外的推廣應用起到了巨大的推動作用。2000年以來，每年均承辦吉林省眼科學術年會和國家級眼底病繼續(xù)教育學習班。2009年成功舉辦“東北亞第七屆眼科學術會議”，2010年成功舉辦“中華眼科雜志編委會定稿會”和“第十屆全國眼整形美容手術進展學習班”。